Metsäojitus vähentää merkittävästi soiden metaanipäästöjä. Rehevien ruoho- ja mustikkaturvekankaiden maaperä on kuitenkin merkittävä hiilidioksidin lähde ilmakehään turpeen vähenemisen takia. Karujen puolukka- ja varputurvekankaiden turve ei näyttäisi nykyisin merkittävästi vähenevän. Puustobiomassan merkittävän suurenemisen ansiosta Suomen metsäojitetut suot ovat tällä hetkellä kasvihuonekaasujen nettonielu.

Ilmastonmuutoksen hillitsemisen kannalta metsänkasvatuksen jatkaminen lienee paras maankäyttömuoto metsäojitetuille soille lähivuosikymmenten aikana. Vaikka laajamittaisella ennallistamisella voitaisiin estää rehevien soiden turpeen väheneminen, samalla kuitenkin puuston kasvu vähenisi ja metaanipäästö kasvaisi. Ennallistamisen jälkeen kestänee vähintään kymmeniä tai satoja vuosia, ennen kuin saavutetaan ilmaston kannalta metsänkasvatuksen jatkamista parempi tilanne. Pitkällä aikavälillä rehevien soiden ennallistaminen on kuitenkin ilmaston kannalta parempi vaihtoehto, koska jo muutaman kymmenen senttimetrin paksuisen turvekerroksen häviäminen vapauttaa enemmän hiiltä ilmakehään kuin kookaskaan puusto pystyy sitomaan itseensä.

Metsäojitettujen soiden kasvihuonekaasutaseista on viime vuosina kertynyt melko kattavasti tietoa. Jotta metsätalouden jatkamisen tai mahdollisen puuston kasvamaan jättämisen tai suon ennallistamisen ilmastovaikutuksen suuruutta voidaan täsmällisesti arvioida, tarvitaan vertailulaskelmia eri vaihtoehtojen kasvihuonekaasupäästöistä. Suuren kokonaispinta-alan takia metsäojitettujen soiden tulevalla käytöllä voi olla suuri vaikutus Suomen kasvihuonekaasupäästöihin.